مسجد جامع باکو که در بخش شهر قدیمی باکو موسوم به ایچری شهر واقع شده، از اهمیت ویژه ای برخوردار است. طبق روایتها این مکان آتشکده بوده و سپس در قرون اولیه اسلام به مسجد تبدیل شده است. در حال حاضر این مسجد بقایایی از قرن هشت هجری قمری است که در این زمان بازسازی و توسعه یافته است. مسجد جامع باکو در سال 1982 در میراث جهانی یونسکو به ثبت رسید.

در کتیبه ای که روی دیوار جنوبی مسجد به زبان عربی حک شده، آمده‌ است که «امیر شرف الدین محمود» در ماه رجب سال ۷۰۹ هجری قمری، فرمان بازسازی این بنا را صادر کرده ‌است. ظاهراً مسجد در این تاریخ بازسازی و گسترش یافته‌است. این مسجد در قرن ۱۵ در مجموعه کاخ شروان‌ شاهان در باکو گنجانده شده ‌بود.

مسجد دوباره در سال ۱۰۲۴ هجری قمری به فرمان شاه عباس صفوی ساخته شده ولی در سال 1899 میلادی تخریب گشته و مجددا در جای آن مسجد جدیدی از سوی «حاج شیخ علی داداشف» میلیونر خیّر باکویی احداث شده‌ است.

مشخصات مسجد
طرح پیچیده ساخت و ساز مسجد نشانگر آن است که این مسجد در چند مرحله بنا شده و در قلمرو محدودی که با خانه های اطراف محصور شده گسترش پیدا کرده است. سالن عبادت مربع شکل در جنوب و مناره ای واقع در شمال مسجد، اجزاء اصلی آن می ‌باشند. ‌مابین آنها حیاط ‌های درونی زیادی وجود دارد.
قدیمی ‌ترین بخش مسجد شبستان آن است. گنبد مسجد مخروطی شکل است که به آثار معماری دوره سلجوقیان شباهت دارد. اینکه در آرایش مسجد کاشیکاری زیاد مورد استفاده قرار نگرفته‌، نشانگر سبک معماری روزگار خویش است. این مکان که در قرون وسطی بعنوان مدرسه نیز فعالیت داشته‌ است، یکی از حجره ‌های باقی ‌مانده از مسجد جامع باکو می باشد. حجره‌ های مذکور در قرن ۱۵ با هدف آموزش و پرورش بنا شده ‌اند. با گسترش خیابان «آ. زینال‌ لی» و کارهای ساخت و ساز جاده، حجره‌ های مسجد تخریب شد و یکی از حجره‌ های تخریب نشده نیز به مدرسه تبدیل شده‌ است.

مناره مسجد جامع
مناره مسجد در سال 1437 میلادی برابر با ۶۲۱ هجری به شکل چکنده ‌سنگ ساخته شده است. عمود بودن مناره و مخروطی شکل بودن گنبد، حکایت از پیشرفت هنر معماری دارد و عنصر نوآورانه ‌ای به نمای مسجد داده است. این نوع سبک معماری شبیه آثار معماری مجتمع کاخ شروانشاهان است.
تاریخ مناره به دوران ایلخانی و قبل از احداث مسجد برمی‌ گردد. در کتیبهٔ روی سنگ پایهٔ مناره که در نتیجه کاوش ‌های باستان‌ شناسی یافت شده‌ است، متنی از سلطان محمد خدابنده الجایتو، رهبر دولت ایلخانان حک شده ‌است.

مسجد کنونی
در سال 1899 میلادی، میلیونر اهل باکو، نیکوکار «حاج شیخ علی داداشف» به نیت امور خیریه در مکان بقایای مسجد جامع، مسجدی کاملاً جدید به نام مسجد جمعه ساخت.
این مسجد در دوران شوروی سابق به عنوان موزهٔ فرش فعالیت می‌ کرد. از سال 1990 مجدداً به مسجد تبدیل شد و در سال 2008 با تخصیص بودجه توسط دولت جمهوری آذربایجان بازسازی شد. تنها چهار قوس بی نظیر از ساختمان قدیمی باقی مانده است، که گفته می شود متعلق به آتشکده است.

کتیبه شاه عباس صفوی در مسجد جامع باکو
این کتیبه به فرمان شاه عباس صفوی در سال ۱۰۲۴ هجری قمری به دست استاد سید طاهر ابن سید امیر بادکوبی حکاکی شده است. طول کتیبه 132 سانتی متر و عرض آن 54 سانتی متر میباشد که در هفت سطر نگاشته شده و از بزرگترین کتیبه های موجود در جمموری آذربایجان محسوب میشود.
متن کتیبه بیانگر سیاستهای جدید مالیاتی شاه عباس در مورد شهروندان آران و شروان است که به موجب آن تمام شیعیان منطقه از مالیات معاف شده اند. این کتیبه به فرمان شاه عباس صفوی و در جهت مقابله با اقدامات عثمانی که سودای تسخیر آران و شیروان را در سر داشت، حکاکی و در مسجد جامع شهر باکو در معرض دید عموم نصب شده بود.